Gestão
De acordo com a Lei de Bases do Sistema Educativo, Lei n.º 49/2005, de 30 de Agosto, a direcção de todos os estabelecimentos de ensino superior orienta-se pelos princípios de democraticidade e representatividade e de participação comunitária.
Os estabelecimentos de ensino superior gozam de autonomia científica, pedagógica e administrativa. As universidades gozam ainda de autonomia financeira, sem prejuízo da acção fiscalizadora do Estado. A autonomia dos estabelecimentos de ensino superior será compatibilizada com a inserção destes no desenvolvimento da região e do País.
O novo sistema Organizacional das Universidades, em virtude da alteração estatutária implementada no último ano, imposta pelo RJES, trouxe muitas mudanças para as Universidades em Portugal. Agora as Universidades passam a estar organizadas por; Conselho Geral, o Reitor, Conselho de Gestão, o Provedor do Estudante, o Conselho Académico, bem como a criação das Escolas, e nelas a Assembleia, o Conselho Cientifico e o Conselho Pedagógico de cada Escola.
São órgãos das Fundações Universitárias:
* O Conselho de Curadores, a quem compete a administração da Fundação;
* O fiscal único, responsável pelo controlo da gestão patrimonial e financeira da instituição.
São órgãos de governo das Universidades:
* O Conselho Geral, órgão de definição do desenvolvimento estratégico e de supervisão da universidade;
* O Reitor, órgão superior de governo e de representação externa da universidade;
* O Conselho de Gestão, órgão de gestão administrativa, patrimonial e financeira da instituição, bem como de gestão dos seus recursos humanos.
São órgãos consultivos das universidades:
* O Senado, órgão de consulta académica da universidade;
* O Conselho Universitário coadjuva o Reitor, sem competências deliberativas, em tarefas de coordenação.
São órgãos de coordenação central das actividades científicas e pedagógicas das universidades:
* O conselho científico, órgão de coordenação central das actividades científicas e dos processos relativos à carreira docente e de investigação;
* O Conselho Pedagógico, órgão de coordenação central das actividades pedagógicas e dos processos de concertação entre professores e estudantes.
Provedor do Estudante
O Provedor do Estudante é um órgão independente que tem como função a defesa e a promoção dos direitos e interesses legítimos dos estudantes inscritos na respectiva instituição de ensino superior.